Celem formacji intelektualnej jest przygotowanie alumnów do głębokiego wniknięcia w Słowo Boże, wzrostu w życiu duchowym i przygotowanie się do wypełniania posługi pasterskiej (por. PDV 51).
Studia w Wyższym Seminarium Duchownym trwają sześć lat. Należą do studiów o profilu humanistycznym. Przedmioty filozoficzne wykładane są na pierwszych dwóch latach, teologiczne zasadniczo od roku III do VI. Program studiów obejmuje, oprócz przedmiotów filozoficznych i teologicznych, wykłady z pedagogiki, psychologii, literatury religijnej i lektoraty językowe. Obowiązkowe są lektoraty z języków: greckiego, łacińskiego i wybranego języka nowożytnego. W WSD w Rzeszowie do wyboru są lektoraty z języków: angielskiego, francuskiego, niemieckiego i włoskiego. Istnieje także możliwość poznania języka migowego.
Rok akademicki w Seminarium Duchownym, podobnie jak na innych studiach wyższych, składa się z dwóch semestrów. Każdy semestr kończy sesja egzaminacyjna, którą poprzedza okres zaliczeń. Zdobycie wszystkich zaliczeń jest warunkiem dopuszczenia do sesji. W przypadku braku jednego lub dwóch zaliczeń student ma prawo zwrócić się do Księdza Rektora z prośbą o warunkowe dopuszczenie do sesji.
Uzyskanie pozytywnych ocen z wszystkich egzaminów jest konieczne do zaliczenia sesji egzaminacyjnej i dopuszczenia do następnego semestru studiów. W przypadku negatywnego wyniku egzaminu student ma prawo do jego powtórzenia w tzw. sesji poprawkowej. Sesja ta trwa około dwa tygodnie. Zaczyna się po przerwie semestralnej w przypadku sesji zimowej oraz po wakacjach w przypadku sesji letniej. Jeśli i ta próba się nie powiedzie, student może zostać dopuszczony do egzaminu komisyjnego. Studia kończy egzamin magisterski tzw. Theologicum, obejmujący: teologię biblijną, teologię dogmatyczna, teologię fundamentalną, teologię moralną oraz zagadnienia z dziedziny przedstawionej w pracy magisterskiej.
Seminaria naukowe
Studia w Wyższym Seminarium Duchownym umożliwiają zdobycie tytułu magistra teologii, ponieważ w sierpniu 1994 roku WSD w Rzeszowie zostało afiliowane do Wydziału Teologicznego Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie – obecnie Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II. W celu uzyskania tytułu magistra teologii należy przedstawić pracę, zakwalifikowaną jako magisterską oraz zdać egzamin magisterski. Począwszy od trzeciego roku studiów każdy kleryk wybiera sobie seminarium naukowe, w którym będzie uczestniczył przez cztery lata. Przygotowaniem jest tzw. proseminarium, na którym należy zapoznać się z metodologią pisania pracy magisterskiej.
Studium własne
Studia polegają głównie na samodzielnej pracy, lekturze, poszukiwaniu. Dlatego bardzo ważny jest czas przeznaczony na naukę własną. Każdego dnia w programie jest tzw. studium. Trwa ono cztery godziny z półgodzinną przerwą. W czasie studium można korzystać z zakładów naukowych. Dzięki zakładom (historii Kościoła, patrologii, historii sztuki, filozofii, teologii dogmatycznej, fundamentalnej, moralnej, liturgiki, katechetyki, homiletyki i nauk biblijnych) mamy dostęp do cennych pomocy w nauce. Podstawą formacji intelektualnej jest rzetelność i pracowitość w czasie studium.
Biblioteka
Biblioteka WSD liczy ok. 60 tys. woluminów z czego niestety tylko ponad 34 tys. skatalogowanych oraz ponad 250 tytułów czasopism. Co roku księgozbiór wzbogaca się o ok. 2000 pozycji książkowych pochodzących głównie z darów. Ponadto biblioteka zamawia ponad 100 różnego rodzaju periodyków i czasopism naukowych. W bibliotece znajdują się z zbiory z zakresu teologii, filozofii, kultury, psychologii, literatury, historii i sztuki. Bogate są także zbiory słowników i encyklopedii. Znaczną część zbiorów stanowi księgozbiór w języku niemieckim. Najcenniejszą pozycją jest książka z XVI wieku pod tytułem „Dictionarum undecim linguam”. Dyrektorem biblioteki jest ks. dr Sławomir Jeziorski.
Czytelnia
Najbardziej poczytne i pożyteczne w studium książki i słowniki umieszczone są w czytelni. Zebrano i pogrupowano tam niezbędne pomoce naukowe z wszystkich każdej dziedziny wiedzy wchodzącej w skład studiów seminaryjnych: historii Kościoła, patrologii, historii sztuki, filozofii, teologii dogmatycznej, fundamentalnej, moralnej, liturgiki, katechetyki, homiletyki i nauk biblijnych.