Biskup Jan Wątroba, syn Franciszka i Ireny, urodził się 4 grudnia 1953 r. w Wieluniu (woj. łódzkie). Pochodzi z rodziny robotniczo-chłopskiej. Ojciec był kolejarzem, który prowadził jednocześnie niewielkie gospodarstwo rolne. Zmarł w 2003 r. Parafia Biała p.w. św. Piotra w Okowach (archidiecezja częstochowska) to miejsce jego chrztu i kolejnych sakramentów świętych. Tam też do dziś mieszka mama Irena, a w niedalekim Wieruszowie siostra Maria z mężem i trójką dzieci. Do szkoły podstawowej uczęszczał w swojej miejscowości rodzinnej i ukończył ją w 1968 r.
W latach 1968-1972 był uczniem Liceum Ogólnokształcącego im. Tadeusza Kościuszki w Wieluniu, gdzie uzyskał świadectwo dojrzałości. Studia filozoficzno-teologiczne odbywał w Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie. Kilka tygodni po ich rozpoczęciu został powołany do odbycia dwuletniej służby wojskowej i wcielony do specjalnej jednostki kleryckiej w Bartoszycach. Po ukończeniu studiów i uzyskaniu stopnia magistra teologii przyjął święcenia kapłańskie w katedrze częstochowskiej z rąk biskupa Stefana Bareły w dniu 27 maja 1979 r. Przez przez dwa kolejne lata pracował jako wikariusz parafii p.w. Ducha Świętego w Wieruszowie.
W 1981 r. został przez swego biskupa posłany do Rzymu, gdzie Fundacja Jana Pawła II powierzyła mu troskę duszpasterską nad pielgrzymami polskimi. Pełnił tę posługę przez cztery lata w ramach Centro Pastorale „Corda Cordi”. Jednocześnie podjął studia na Uniwersytecie Laterańskim, na którym w 1985 r. uzyskał stopień licencjata z zakresu teologii pastoralnej. W lipcu 1985 r. nowy Biskup Częstochowski Stanisław Nowak powierzył mu obowiązki swego sekretarza i kapelana, które pełnił przez 9 lat. W tym czasie był także sekretarzem Wydziału Duszpasterskiego Kurii Diecezjalnej oraz jej rzecznikiem prasowym. W ramach tirocinium pastorale pełnił obowiązki ojca duchownego młodych kapłanów. W latach 1994- 2000 był rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Częstochowie. W 1999 r. na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie uzyskał stopień doktora teologii na podstawie pracy „Permanentna formacja duchowa kapłanów w świetle soborowych i posoborowych dokumentów Urzędu Nauczycielskiego Kościoła (1963-1994)” napisanej pod kierunkiem ks. prof. Stanisława Urbańskiego.
Dnia 20 kwietnia 2000 r. Ojciec Święty Jan Paweł II mianował ks. Jana Wątrobę biskupem pomocniczym w Częstochowie ze stolicą tytularną Bisica. Sakrę biskupią przyjął w archikatedrze częstochowskiej w dniu 20 maja 2000 roku. Głównym konsekratorem był abp metropolita częstochowski Stanisław Nowak, a towarzyszyli mu abp lubelski Józef Życiński i biskup pomocniczy częstochowski Antoni Długosz. Abp Stanisław Nowak ustanowił go wikariuszem generalnym archidiecezji częstochowskiej. Jako biskup pomocniczy i wikariusz generalny należał do Rady Kapłańskiej, Rady Duszpasterskiej i Kolegium Konsultorów. Do marca 2012 roku był także przewodniczącym Rady Ekonomicznej.
Dnia 14 czerwca 2013 r. Ojciec Święty Franciszek mianował ks. bpa Jana Wątrobę biskupem rzeszowskim. Jego zawołaniem biskupim są słowa: Ecce venio („Oto idę, aby spełniać wolę Twoją”). 19 lipca 2013 r. bp Jan przejął kanonicznie diecezję rzeszowską jako jej ordynariusz. 20 lipca 2013 r. odbył się ingres w katedrze rzeszowskiej.