Elementem najwyższej wagi w wychowaniu kapłańskim jest formacja duchowa, która też nazywana jest sercem formacji („Zasady formacji kapłańskiej w Polsce”, s. 92). Życie duchowe w okresie przygotowania do kapłaństwa zdominowane jest przez poszukiwanie i odnajdywanie Mistrza, by iść za Nim i trwać w jedności z Nim (por. J 1,37-39). Rozpoznawanie drogi życia w Seminarium dokonuje się na wielu etapach życia codziennego.
Alumni w szczególny sposób poszukują i odnajdują Chrystusa w zgłębianiu Słowa Bożego, połączonego z rozmyślaniem i modlitwą, która stanowi naczelną wartość formacji duchowej. Szczytem chrześcijańskiej modlitwy jest Eucharystia. Klerycy jako przygotowujący się do sprawowania świętych tajemnic, codziennie uczestniczą we Mszy św. w kaplicy seminaryjnej, sprawowanej przez księży przełożonych. Alumni w ciągu dnia gromadzą się w kaplicy na wspólnych modlitwach. Pierwszy raz spotykają się na modlitwach porannych po rozpoczęciu nowego dnia. O godz. 12:30 rozważają tajemnicę Wcielenia Syna Bożego i robią szczegółowy rachunek sumienia z pierwszej części dnia. Wieczorem czas modlitwy naznaczony jest nabożeństwami, skrutacją Słowa Bożego oraz adoracją Najświętszego Sakramentu. Zarówno w czasie Mszy świętej jak też innych modlitw wspólnych klerycy polecają Bogu intencje członków Stowarzyszenia Przyjaciół Wyższego Seminarium Duchownego i ich rodzin oraz wszystkich dobroczyńców Seminarium.
Ponadto codziennie każdy z alumnów staje przed Panem na modlitwie indywidualnej. Główną modlitwą indywidualną jest rozmyślanie. Reguła życia w seminarium zobowiązuje do codziennego nawiedzenia Najświętszego Sakramentu przez przynajmniej 15 minut, jak również do odmówienia jednej części różańca. Każdego dnia pół godziny przeznaczone jest na czytanie lektury duchowej. Co miesiąc organizwany jest dzień skupienia, podczas którego klerycy w milczeniu więcej czasu poświęcają na modlitwę i słuchanie konferencji zaproszonych osób. Dwa razy w roku alumni uczestniczą w świętych ćwiczeniach rekolekcyjnych.
Aby formacja duchowa mogła przynieść owoce w świecie, w którym panuje nieustanny hałas, wielką wartością jest umiejętność milczenia i zachowania ciszy, by odczuć obecność Boga i w niej się zanurzyć. W Seminarium od rozpoczęcia czytania duchownego (godz. 19.30) do modlitw porannych następnego dnia panuje silentium sacrum („święte milczenie”).
Nad całością formacji duchowej każdego kleryka i jej poprawnością czuwają ojcowie duchowni, nazywani często kierownikami duchownymi. Każdy alumn przynajmniej raz w miesiącu powinien odbyć rozmowę z ojcem na temat rozwoju swojego życia duchowego, występujących problemów i trudności.
Rola ojca duchownego
Formacja ludzka kapłana okazuje się szczególnie ważna ze względu na tych, do których skierowana jest jego misja. Potrzebne jest więc wychowanie do umiłowania prawdy, do prawości i rzetelności, do szacunku wobec każdej osoby, do poczucia sprawiedliwości, do wierności danemu słowu, do prawdziwego współczucia, do konsekwentnego postępowania, a zwłaszcza do zrównoważonego sądu i zachowania. Formacja duchowa ma nauczyć życia w zażyłej i nieustannej łączności z Ojcem przez Syna w Duchu Świętym. W kształtowaniu kandydata do kapłaństwa nieocenioną rolę pełni ojciec duchowny. Posiada on kwalifikacje, które określają go jako mistrza życia wewnętrznego. Jest on odpowiedzialny za formację duchową alumnów. Wprowadza ich w świat życia wewnętrznego, ukazując bogactwa duchowości i sposoby ich przyswajania. Ojciec duchowny związany jest ścisłą tajemnicą dotyczącą treści przeprowadzanych rozmów z alumnami.
Rozmowy alumna z ojcem duchownym winny być regularne. Każdy alumn zobowiązany jest do nich przynajmniej jeden raz w miesiącu. Rozmowy indywidualne z ojcem duchownym winny obejmować programowo wszystkie najważniejsze problemy życia alumna. W kontakcie z ojcem duchownym winien on formować sumienie, porządkować emocjonalność, rozwijać ducha modlitwy, rozeznawać sposób uczestnictwa w sakramentach świętych, rozeznawać powołanie, rozwiązywać najważniejsze konflikty osobiste i wspólnotowe. W kontakcie z ojcem duchownym alumnowi powinno towarzyszyć wielkie wewnętrzne otwarcie. Przedstawienie problemu przynosi pożądane owoce tylko wówczas, kiedy alumn wypowiada go z odczuciem wewnętrznej wolności. To właśnie zdobyta wolność wobec swojego lęku, jak również pokonanie fałszywego wstydu wobec drugiego człowieka, jest jednym z najcenniejszych doświadczeń w kierownictwie duchowym. Ojciec duchowny jest do stałej dyspozycji alumnów, by im umożliwić kontakt i rozmowy. On też kieruje modlitwami i wspólnymi ćwiczeniami duchownymi (m. in. dniami skupienia i rekolekcjami), oraz czuwa nad jednolitym stosowaniem kryteriów w rozeznawaniu powołania alumnów.
Modlitwa indywidualna
Formacja duchowa kandydata do kapłaństwa domaga się osobistego stanięcia przed Bogiem w modlitwie indywidualnej. Istotnym elementem tej modlitwy jest połączone z rozmyślaniem czytanie Słowa Bożego (lectio divina), słuchanie pokorne i pełne miłości Tego, który mówi. W świetle i mocy Słowa Bożego można bowiem odkryć, zrozumieć i pokochać własne powołanie, pójść za nim i wypełnić swoja misję, dzięki czemu cała egzystencja odnajduje swój jedyny i radykalny sens w tym, że właśnie do niej skierowane jest Słowo Boże powołujące człowieka, a zarazem z niej biorą początek słowa człowieka, który odpowiada Bogu. Zażyłość ze Słowem Bożym może ułatwić proces nawrócenia nie tylko w tym sensie, że pozwala oderwać się od zła, by przylgnąć do dobra, lecz również w tym, że wzbudza w sercu myśli Boże, tak iż wiara, jako odpowiedź na Słowo, staje się nowym kryterium osądu i oceny ludzi i rzeczy, wydarzeń i problemów. Tej szczególnej zażyłości ze Słowem Bożym pomaga poranna medytacja (30 minut) według wskazań św. Ignacego z Loyoli. Bardzo konieczne i pilne jest ponowne odkrycie podczas formacji seminaryjnej piękna i radości sakramentu pokuty. Dlatego też każdy alumn zobowiązany jest do częstego (przynajmniej raz na dwa tygodnie) korzystania z tego sakramentu. Kandydat do kapłaństwa, uformowany w szkole Jezusa modlącego się do Ojca, ma stawać się dla innych wzorem i nauczycielem modlitwy.
Modlitwa wspólnotowa
„Trwajcie gorliwie na modlitwie, czuwając na niej wśród dziękczynienia” (Kol 4, 2). Naczelną wartość formacji duchowej każdego człowieka a w szczególności kandydata do kapłaństwa stanowi modlitwa. Jest ona wzniesieniem duszy ku Bogu w postawie pokory i całkowitego oddania się Jemu. Szczególnym rodzajem modlitwy jest wspólnotowa rozmowa z Bogiem. Seminarium duchowne wytwarza specyficzną atmosferę umożliwiającą alumnom wspólne stanięcie przed Stwórcą. Centralne miejsce codziennego spotkania z Bogiem zajmuje Eucharystia, przeżywana jako pamiątka śmierci i zmartwychwstania Chrystusa, jako ofiara i uczta paschalna oraz jako sakrament trwałej i rzeczywistej obecności Chrystusa w Kościele. Czynny udział w codziennej Mszy Świętej stanowi dla alumna najważniejsze wydarzenie dnia.
W szczególnie uroczysty sposób sprawowane są Eucharystie niedzielne i czwartkowe, podczas których żarliwą modlitwą obejmowane są wszystkie osoby poświęcone Bogu poprzez sakrament kapłaństwa i życia zakonnego. Rytm modlitwy wspólnoty seminaryjnej jest również kształtowany Liturgią Godzin, zwłaszcza przez wspólne sprawowanie Jutrzni i Nieszporów. Liturgia Godzin to modlitwa Chrystusa i Kościoła. Celebracja ta jako wyraz wierności zaleceniom apostolskim, by „nieustannie się modlić” (1 Tes 5,17), jest tak pomyślana, aby wszystkie pory dnia i nocy uświęcać przez uwielbienie Boga.
Rekolekcje
Każda modlitwa – szczególnie w życiu kapłana, czy kleryka domaga się czasu. Obok chwil poświęcanych na pracę, posiłki, odpoczynek, naukę, trzeba zagwarantować sobie także czas na spotkanie z Bogiem. Kiedy brak nam czasu na modlitwę, doświadczenie tajemnicy Boga stopniowo w nas zamiera. Pośród niepokoju i zgiełku panującego w naszym społeczeństwie, koniecznym elementem pedagogii modlitwy jest ukazywanie głębokiego ludzkiego sensu i religijnej wartości milczenia jako atmosfery duchowej nieodzownej do tego, by odczuć obecność Boga i w niej się zanurzyć. W atmosferze takiego właśnie milczenia odbywają się kilkudniowe rekolekcje seminaryjne. Przeżywane są one przez alumnów dwukrotnie w ciągu roku akademickiego. Rekolekcje jesienne, trwające zwykle sześć dni pomagają wejść w atmosferę nowego roku formacji. Prowadzone są przez zaproszonego wcześniej kapłana. Rekolekcje wiosenne natomiast są nieco krótsze i przygotowują kleryków do głębszego przeżycia Świąt Wielkanocnych. W ostatnim dniu rekolekcji alumni roku trzeciego przyjmują posługę lektoratu, zaś klerycy roku czwartego – posługę akolitatu.
Mówiąc o rekolekcjach seminaryjnych nie wolno też zapomnieć o nowennie przed Niepokalanym Poczęciem Najświętszej Maryi Panny (8 XII). Odbywa się ona na wieczornych nabożeństwach Liturgii Godzin. Zwieńczeniem nowenny jest przyjęcie przez alumnów roku trzeciego szaty duchownej. Rekolekcje seminaryjne służą pogłębieniu więzi z Panem Bogiem. Chrystus nie wzywa nas bowiem najpierw do tego, abyśmy dla Niego pracowali, ale byśmy z Nim i dla Niego żyli. Posługa duszpasterska ma być owocem naszego życia z Jezusem i dla Jezusa.
Dni skupienia
Dzień skupienia służy pogłębieniu formacji duchowej oraz umocnieniu życia duchowego, będącego zjednoczeniem na co dzień z Bogiem Trójjedynym we wspólnocie Kościoła. Każdy dzień skupienia jest okazja do dojrzewania duchowego i pasterskiego, do dłuższej i spokojniejszej modlitwy, pozwala sięgnąć do korzeni kapłaństwa, aby odnaleźć świeżość ideałów, które są źródłem wierności i pasterskiego zapału. Dzień skupienia to jednodniowe rekolekcje, przeżywane we wspólnocie seminaryjnej zwykle jeden raz w miesiącu. Rozpoczyna się on w sobotę wieczorem odśpiewaniem hymnu do Ducha Świętego „Veni Creator Spiritus” i wysłuchaniem wstępnej konferencji. Niedziela ukształtowana jest rytmem wspólnie odmawianej Liturgii Godzin i ascetycznymi konferencjami, wygłaszanymi przez jednego z ojców duchownych seminarium, bądź przez zaproszonego kapłana. Punktem zwieńczającym dzień skupienia jest uroczysta Eucharystia.